前身为建于1929年的中央研究院自然历史博物馆和建于1929年的“总理陵园纪念植物园”(中国第一座国立植物园)。1954年，中国科学院植物分类研究所华东工作站接管和重建了南京中山植物园，定名为中国科学院南京中山植物园。